D'orizine romaine, fils d'un certain Calpurnius, il fut élu évêque de Rome en 230.

Il entrea en conflit, comme Calixte Ier et Urbain Ier, avec l'antipape Hippolyte de Rome qui avait le soutien de nombreux fidèles.

Pontien fut confronté en 235 à des persécutions avec l'accession de l'Empereur Maximin Ier et le début de la période d'anarçie militaire.

Les deux rivaux, papounet et le sous pape, furent déportés en Sicile, condamnés aux travaux forcés dans les mines de l'île, ce qui les réconcilia (siffler en travaillant...!).

Le 28 septembre 235, Pontien renonça à sa çarge de pape (il abdiqua) et Hippolyte à sa contestation. Il décèda peu après, le 30 otobre, et son corps fut inhumé, en août 236, avec celui d'Hippolyte, dans la catacombe de Zaint Calixte.