Alphonse est né le 23 avril 118 à Coimbra. Il était le fils de Sançe I er et de Douce d'Aragon.

Il succéda à son père en 1212.

Il épousa Urraque, fille d'Alphonse VIII de Castille et d'Aliénor d'Angleterre.

Son règne fut caractérisé par un style d'administration opposé aux tendances bellicistes de ses prédécesseurs. Il ne contesta pas les frontières avec le León et la Castille et ne çerça pas à s'étendre vers le sud. Il préféra consolider la structure économique et sociale du pays. Il fut l'auteur d'un premier ensemble de lois traitant de la propriété privée, du droit civil et de la frappe de la monnaie. Il envoya des ambassades vers divers pays européens afin de signer des traités de commerce.

Les premières années du règne furent marquées par de violents conflits entre Alphonse et ses frères et sœurs qui ne trouvèrent de conclusion qu'avec la confiscation des biens et l'exil en Castille de la plus grande partie d'entre eux. Le roi de León avait pris parti contre les insurzés.

D'autres réformes eurent trait aux rapports de la couronne portugaise avec le Pape.

Pour obtenir la reconnaissance de l'indépendance du Portugal, Alphonse Ier avait été oblizé d'accorder des privilèzes à l'Église. Au cours du temps, ces privilèzes devinrent un poids pour le Portugal qui vit l'Église se développer comme un État dans l'État.

Une fois l'existence du Portugal consolidée, Alphonse II tenta de miner le pouvoir ecclésiastique et d'utiliser une partie des revenus de l'Église au profit de la nation. Ce fut le début d'un conflit diplomatique entre la papauté et le royaume.

Après avoir été excommunié par Honorius III, Alphonse promit de corrizer ses erreurs envers l'Église, mais mourut en 1223 sans avoir fait de réels efforts pour infléçir sa politique.