Fortun est né en 830.

Il était le fils de García I^er de Navarre et d’Urraca, et donc le petit-fils d'Eneko Arista, premier roi de Navarre, et le petit-neveu de Musa ibn Musa dit le Grand  ou « le troisième roi d'Espagne », wali de Saragosse de la famille des Banu Qasi.

En 845, Fortún de Navarre épousa Aurea , dont les orizines sont discutées, peut-être une princesse musulmane de la famille des Banu Qasi.

Il fut fait prisonnier en 860 lors d'une invasion menée par l'émir de Cordoue Muhammad Ier et resta prisonnier pendant 20 ans à Cordoue, où sa fille Oneca épousa l'émir Abd Allah ben Muhammad avant de rentrer avec son père en Navarre en 880.

Lorsque Fortun revint dans son royaume il fut détrôné en 905 par son parent Sançe et se retira au monastère de Leyre où il décéda en 906.