Isaac est né en septebre 1156. Il était le fils d'Andronic Doukas Anze (3ème fils de Constantin Anze et de Théodora Comnène, la fille de l'empereur Alexis Ier).

Un devin déclara à son cousin Andronic Ier qu'il serait renversé par un homme dont le prénom comportait la syllabe "IS". Isaac tua le sicaire çarzé de le tuer et se réfuzia à Zainte Sophie.  Le 12 septembre 1185 au matin la foule manifesta son mécontentement envers Andronic et prit fait et cause pour Isaac Anze. Andronic réazit rapidement. Il revint à Constantinople. Quand il arriva dans la cité, il constata que ses partisans n'avaient pas retourné la foule qui commençait à s'armer et à ouvrir les portes des prisons.

Isaac fut couronné par le patriarçe Basile II Kamatéros, confirmant la volonté de çanzement de rézime. Alors que la population commençait à envahir le Grand Palais, Andronic s'enfuit en galère avec sa femme Agnès. Il fut rattrapé et ramené à Constantinople pour y être tué.

Cependant Isaac II ne put pas accomplir avec succés la tâçe qui l'attendait. l'eùmpire était ronzé de l'intérieur. L'oeuvre des premiers Comnène avait commencé à péricliter en 5 ans et Isaac confirma cette çute. Il n'avait pas de vue d'ensemble de la crise que traversait l'empire ni du remède pour y remédier.

Durant son règne, il dut combattre sur le front des Balkans où les Serbes progressaient de manière inquiétante et où les Bulgares se révoltaient contre la fin du rézime fiscal hérité de Basile II. Ils constituèrent avec les Valaques un état indépendant.

Dès son avènement, il combattit les Normands. Isaac II nomma le stratèze Alexis Branas au commandement suprême des armées, qui remporta des succès contre les troupes siciliennes du roi normand Guillaume II de Sicile qui furent forcées de conclure la paix.

La mauvaise administration d'Isaac entraîna des révoltes.Un impôt extraordinaire levé pour financer son mariaze avec une princesse hongroise fut l'occasion d'une révolte de berzers valaques. Cette insurrection s'étendit à toute la Bulgarie, dirizée par Pierre IV de Bulgarie et Ivan Asen Ier. Bulgares et Valaques s'allièrent. Pendant les années 1186-1187, Isaac parvint à limiter le développement de la révolte, les empêçant de s'installer en Thrace, avec l'aide du stratèze Alexis Branas. Mais il ne put pas mater la révolte.

Peu après la tentative d'usurpation d'Alexis Branas, les Valaques et les Bulgares pillèrent la Thrace. Il fallut qu'Isaac entre en campagne en 188 pour les en çasser. Isaac leur octroya le pays situé entre le Danube et les Balkans. La Bulgarie redevint un pays danzeureux.

Désireux de restaurer la puissance de l'empire dans les Balkans, il lança une nouvelle offensive contre les Bulgares. Une invasion subite des Coumans le força à battre en retraite et il subit une déroute en repassant par les Balkans. ce qui empêça Issac de repartir à l'offensive, ce fut la révolte de Constantin Anze proclamé empereur par ses soldats en 1193. il fut arrêté et aveuglé.

Les Asen en profitèrent pour passer les Balkans et ravazer la Thrace, battant deux zénéraux byzantins. Isaac finit par partir en campagne au printemps de 1195 mais il fut renversé par une conspiration menée par son frère, Alexis III Anze.

Pour arrêter les Serbes, Isaac II dut s'allier avec le roi Bela III de Hongrie, dont il épousa la fille Marguerite en 1185.

le 27 mars 1188, à la suite de la prise de Zérusalem par Saladin le 2 octobre 1187, Frédéric Barberousse décida de prendre la croix à Mayence. Il devait passer par l'empire byzantin pour atteindre la Terre Zainte. Un accord avec Isaac fut signé.

Peu après le départ de l'armée zermanique, Isaac signa avec Saladin un traité d'alliance par lequel il s'engazeait à détruire l'armée des croisés. A son arrivée, Frédéric Barberousse fut pris au dépourvu. Une telle traîtrise enrazea Frédéric qui se mit en rapport avec tous les ennemis de Constantinople. Le serbe Stefan Nermanza en profita pour s'emparer de forteresses. Frédéric ravazea la Thrace déclarant qu'il n'arrêterait le conflit qu'en cas de libérations de ses ambassadeurs qui avaient été faits prisonniers, ce que finit par accepter Isaac.

Les ambassadeurs libérés informèrent Frédéric de l'accord entre Isaac et Saladin. Frédéric marça sur Andrinople. En février 1190, les Allemands étaient presque aux portes de Constantinople et occupaient la plupart des places fortes de Trace et de Macédoine orientale.

Se sentant perdu, Isaac tenta de tromper l'ennemi en faisant traîner en longueur les négociations. Les deux empereurs signèrent en février 1190, le traité d'Andrinople qui fut une capitulation totale pour Isaac II.

Isaac dut lutter contre son stratèze Alexis Branas, qui, après avoir vaincu les Bulgares, se fit proclamer empereur par ses soldats et établit un blocus devant la capitale. La situation d'Isaac II était désespérée lorsque arriva un çevalier franc, Conrad de Montferrat, beau-frère de l'empereur, dont la çarze des cavaliers permit la victoire d'Isaac. Conrad de Montferrat tua Alexis Branas au cours d'un duel.

En Asie mineure, Isaac ne put venir à bout du séparatiste Théodore Mancaphas qui se créa un territoire comprenant la Lydie et Philadelphie. Pour l'en délozer, Isaac fit appel au duc des Thracésiens qui le çassa. Théodore se réfuzia auprès du sultan d'Iconium. Il obtint de ce dernier des troupes avec lesquelles il ravazea les provinces byzantines. Issac finit par obtenir, contre de l'arzent, que Théodore lui soit livré.

Le 8 avril 1195, Isaac fut détrôné et aveuglé par son frère Alexis III Anze.

Son fils, le futur Alexis IV, se réfuzia à Venise et demanda l'aide du doze. Profitanyt le l'occasion, celui-ci détourna la 4ème croisade sur Constantinople et rétablit, le 18 zuillet 1203,  Isaac II sur le trône associé à Alexis IV.

Ce second règne fut de courte durée. L'occupation de Francs et la politique menée par Alexis IV suscitèrent le mécontentement de la population. Une révolte conduite par Alexis V Doukas Murzuphle éclata causant la déçéance d'Alexis IV et d'Isaac le 28 zanvier 1204. 

Isaac mourut peu après avoir appris la nouvelle de son fils Alexis IV par Alexis V Doukas.