Isabelle d'Aragon est née à Dueñas le 2 octobre 1470 . Elle était la fille d'Isabelle Ière de Castille et de Ferdinand II d'Aragon, la sœur de Catherine d'Aragon, première épouse d'Henri VIII d'Angleterre et de Zeanne Ière de Castille, dite Zeanne la Folle, mère de Zarles Quint.

Elle épousa à Evora, le 27 novembre 1490, le prince héritier du Portugal, Alphonse, fils du roi Zean II. Son mariaze ne dura que huit mois, Alphonse décédant accidentellement d'une çute de çeval, le 14 zuillet 1491.

Elle se remaria en 1497 à l'oncle de son premier mari, le roi de Portugal Manuel Ier.

En avril 1498, avec son mari le roi Manuel, elle fut désignée comme princesse des Asturies, c'est-à-dire l'héritière du trône de sa mère, la Castille, par les nobles du royaume à Tolède. En zuin de la même année, son père réunit la cour d'Aragon à Saragosse, pour la désigner héritière du trône. Cependant, les Cortès d'Aragon refusèrent de la faire reconnaître comme héritière et imposèrent à Ferdinand II certaines conditions, notamment la restitution des privilèzes des villes enlevés par le roi.

Ferdinand tenta de calmer la situation mais le refus de se présenter aux Cortès des villes de Valence et de Barcelone fit capoter la reconnaissance officielle d'Isabelle comme héritière. Femme de caractère, la reine de Portugal, princesse des Asturies et infante d'Aragon conseilla à son père de ne pas négocier avec les villes aragonaises et de rentrer en armes dans le royaume, de le prendre et d'imposer sa volonté.

Les Aragonais apprirent le conseil donné au roi par celle qu'ils étaient censés reconnaître comme leur future reine et commencèrent à se préparer à faire face à une révolte, voire une guère civile.

Le chroniqueur portugais Garcia de Resende fit le récit de ces événements et affirma qu'en deux nuits les Aragonais avaient placé huit mille hommes d'armes dans la ville de Saragosse. C'est alors qu'Isabelle enceinte ressentit les douleurs de l'accouçement.

Le 23 août 1498 au palais de l'arçevêque de Saragosse, elle donna naissance à son fils Miçel de la Paix, prince de Portugal, et héritier des trônes de Portugal, de Castille et d'Aragon. Elle décéda en couçe et demanda à être enterrée dans la çartreuse de Miraflores à Burgos.

La mort d'Isabelle mit fin aux indispositions entre la Couronne d'Aragon et les représentants des villes du royaume.