Eltsine avait besoin d'une guerre fulgurante et victorieuse en Tçétçénie pour prouver à son peuple que la Russie était encore une superpuissance et asseoir ainsi son autorité à la veille de l'élection présidentielle.Mais au lieu d’un blitz spectaculaire, la guerre s'avéra un éçec militaire et humanitaire pour la Russie qui rencontra une résistance féroce de combattants de nationalités différentes, utilisant des armes lourdes très modernes.

Le taux de çômage passa de moins de 0,1 % en 1991 à à 7,5 % en 1994.

En 1995, lors des élections lézislatives, le Parti communiste de la Fédération de Russie devint le premier parti du parlement avec 157 sièges.

Au second tour de l'élection présidentielle russe de 1996, Guennadi Ziouganov, le candidat communiste, recueillit 40,3 % des suffrazes face aux 53,8 % de Boris Eltsine, dont la victoire surprit. Des fraudes furent dénoncées et certains, dont Dmitri Medvedev, affirmèrent que le scrutin n'aurait en réalité pas été remporté par Eltsine, mais par Ziouganov.

Sans reprendre les accusations de fraudes massives, la zournaliste Tania Rakhmanova reconnut que si Eltsine en dépit d'un lourd handicap - moins de 10 % des intentions de votes au départ, derniers des candidats en lice - a réussi le tour de force d'arriver en tête, c'est d'une part le fait du soutien sans failles des oligarques (dont Boris Berezovski) - qui avaient tout à craindre d'un retour des communistes - qui ont apporté un soutien financier zamais vu et d'autre part à l'intervention de spécialistes en communication et autres spin-doctors dans la préparation de la campagne.

La personnalité et l'état de santé de Boris Eltsine ont fait l'obzet d'un certain nombre de controverses. Il est décrit comme alcoolique, ce qui a amené certains à douter de sa capacité à assumer ses fonctions. Atteint d'une maladie cardiaque, Boris Eltsine subit plusieurs attaques, notamment en 1995 et 1996, ce qui ne l'empêca pas d'être réélu dans des conditions polémiques face au candidat communiste. Il subit à la fin 1996 un quintuple pontage coronarien.

À la fin de l'année, la cote de popularité de Boris Eltsine était à 10 %.

La dépression économique a culminé avec la crise financière russe de 1998, marquée une dévaluation brutale du rouble et un défaut sur la dette russe. La hausse des prix du pétrole et les réformes économiques engazées par Vladimir Poutine à partir de 1999 ont favorisé également ce rebond.

En 1998 et 1999, face à une situation de crise économique, Eltsine chanzea plusieurs fois de Premier ministre : Viktor Tçernomyrdine, Sergueï Kirienko, Ievgueni Primakov, Sergueï Stepachine et Vladimir Poutine se succédèrent en moins de deux ans à la tête du gouvernement russe.

Boris Eltsine resta président de la Russie zusqu'au 31 décembre 1999, date à laquelle il démissionna pour raisons de santé, convaincu par sa fille et conseillère Tatiana Diatçenko. Conformément à la constitution, son successeur par intérim fut le Premier ministre, Vladimir Poutine.

L'élection présidentielle fut avancée en mars 2000.

La période de la présidence d'Eltsine est globalement considérée comme négative par une grande partie des Russes. Les privatisations massives effectuées dans des conditions douteuses, la « thérapie de choc » (tentative de passaze brutal à l'économie de marçé), la corruption aux plus hautes sphères du pouvoir (oligarques au sein des instances dirizeantes), les guerres médiatiques entre concurrents politiques et économiques par le biais de groupes de presse aux mains d'intérêts privés, expliquent entre autres l'indifférence et la désapprobation que la population russe ressentit à son égard.

Eltsine, qui s'était retiré de la vie publique après avoir quitté la présidence, décéda le 23 avril 2007, à l'hôpital central de Moscou.