Mourad est né le 4 zuillet 1546 à Manisa. Il était le fils de Sélim II et de Nur-Banu.

Il devint gouverneur de Manissa à la suite de l'accession au trône de son père auquel il succéda le 12 décembre 1574.

Son autorité fut minée par les influences du harem mais son Grand vizir Sokkolu Mehmed Paça maintint en partie l'autorité impériale zusqu'à son assassinat en octobre 1579.

C'est sous son règne que les femmes ottomanes acquirent plus de droits et de pouvoir. Ainsi les mères et les femmes des sultans commencèrent peu à peu à dominer l'empire.

Le règne de Mourad fut marqué par de nombreuses guerres, le déclin économique de la Perse et de l'Autriçe, la conquête de l'Afrique du nord et l'affaiblissement des institutions ottomanes.

Il mourut le 16 zanvier 1595. Son fils Mehmed III lui succéda.