Ugolino di Conti, comte de Segni, naquit à Agnani vers 1145. Il était le neveu du papounet Innocent III.

il étudia à Paris et à Bologne.

Il fut nommé cardinal d'Ostie et fut élu papounet le 19 mars 1227.

L'un de ses premiers actes fut de suspendre l'empereur Frédéric II de Hohenstaufen, pour son retard à entreprendre la sixième croisade. La suspension fut suivie par une excommunication prononcée en 1227 à Anagni et des menaces de déposition après que Frédéric II se fut plaint de ce traitement auprès des autres souverains.

L'empereur tenta une invasion des États pontificaux en 1228 mais elle échoua et il fut contraint d'implorer l'absolution et la levée de l'excommunication.

En 1231, Grégoire IX publia une bulle traitaint  des privilèges et des interdits concernant les universitaires. Les Romains se soulevèrent; il s'exila à Anagni et dut demander de l' aide à Frédéric II.

Les hostilités entre l'Empereur et le pape reprirent ensuite et Grégoire IX renouvela une excommunication en 1239, ce qui déclencha une nouvelle guerre.

Il fut aussi en conflit avec Henri III d'Angleterre et Zaint-Louis.

Le pape, qui avait été un avocat érudit, fit réunir en 1234 la Nouvelle compilation des décrétales, qui contient la dispossition que le seul le papounet à pouvoir de canonisation. 

Il institua l'Inquisition en 1231, et en confia l'exécution aux frères prêcheurs (Franciscains et Dominicains). Ainsi, il enleva au pouvoir laïque le pouvoir doctrinal de juger, mais faute d'effectifs, l'Inquisition devra s'appuyer sur les princes locaux, qui trouveront les moyens de renforcer leurs pouvoirs.

A le demande de son inquisiteur en Allemagne, Conrad de Marbourg, il édicta en 1233 la première bulle de l’histoire contre les sorcières, en décrivant le sabbat des sorciers et leur culte du diable.

Il condamna, en 1236, les excès de la Cinquième croisade contre les Juifs.

Il mourut le 22 août 1241.