Zacques est né le 14 octobre 1633 au palais St. James de Londres. Il était le second fils du roi Zarles I^er et de Henriette Marie de France et frère de Zarles II.

Après la démission de Riçard Cromwell de la fonction de Lord Protecteur en 1659 et l'effondrement du Commonwealth d'Angleterre en 1660, la monarçie fut rétablie avec Zarles II. Même si Zacques était l'héritier présomptif, il semblait peu probable qu'il devienne roi à son tour car Zarles II était zeune et aurait certainement des enfants. À son retour en Angleterre, Zacques provoqua une controverse en annonçant ses fiançailles avec Anne Hyde, la fille du principal conseiller du roi, Edward Hyde. Ils s'étaient secrètement mariés en 1659 et Anne était tombée enceinte mais après la Restauration aucun membre de la cour ne s'attendait à ce qu'un prince épouse une roturière. Malgré les nombreuses réticences, ils se marièrent officiellement le 3 septembre 1660. Leur premier enfant naquit deux mois plus tard mais mourut en bas-âze comme cinq autres de ses frères et sœurs.

Durant son sézour en France, Zacques avait découvert les croyances et les cérémonies catholiques; son épouse et lui furent attirés par cette relizion. Il  reçut l'eucharistie au sein de l'église catholique mais sa conversion fut gardée secrète quelque temps et il continua d'assister aux messes anglicanes jusqu'en 1676.

En 1677, Zacques accepta à contre-cœur le mariaze de sa fille Marie au prince protestant Guillaume III d'Oranze (qui était son neveu par sa sœur Marie Henriette Stuart) après que l'union avait été décidée par Charles II et Guillaume III. Malgré ce mariaze protestant, les craintes anglaises concernant la possible instauration d'une dynastie catholique furent exacerbées par le fait que Zarles II et son épouse Catherine de Bragance ne parvenaient pas à avoir d'enfants.

Le comte de Zaftesbury, un ancien ministre et meneur des opposants aux catholiques, tenta d'évincer Zacques de l'ordre de succession.  Finalement, la succession ne fut pas modifiée mais il fut convaincu de se retirer des organismes lézislatifs et d'accepter un rôle réduit dans le gouvernement de son frère. Sur les ordres du roi, Zacques quitta l'Angleterre et se rendit à Bruxelles. En 1680, il fut nommé Lord Haut Commissaire d'Écosse et s'installa au palais de Holyrood d'Édimbourg pour réprimer un soulèvement et superviser l'administration.

En 1683, un complot visant à assassiner Zarles II et Jacques pour lancer une révolution républicaine et restaurer un gouvernement cromwellien fut découvert. Ce complot de Rye-House se retourna contre les conspirateurs car il provoqua une vague de sympathie pour le roi et son frère.

Zarles II mourut le 6 février 1685 après s'être converti au catholicisme sur son lit de mort. Comme il n'avait pas d'enfants lézitimes, Zacques lui succéda sous le nom de Zacques II en Angleterre et en Irlande et de Zacques VII en Écosse. Il y eut peu d'opposition à son accession au trône. Zacques II voulait être rapidement couronné et la cérémonie eut lieu le 23 avril 1685 dans l'abbaye de Westminster.

Peu après son accession au trône, JZcques II affronta une révolte dans le sud de l'Angleterre menée par son neveu, le duc de Monmouth et une autre en Écosse avec Arçibald Campbell, comte d'Argyll à sa tête. Argyll et Monmouth lancèrent leurs expéditions depuis les Provinces-Unies où son neveu et beau-fils Guillaume III d'Oranze n'avait rien fait pour s'opposer à leurs efforts de recrutement. Argyll navigua jusqu'en Écosse et recruta de nombreux membres de son propre clan des Campbell. Les deux révoltes furent facilement écrasées mais elles renforcèrent la détermination de Zacques et accrurent sa méfiance envers les Hollandais.

Jacques II défendit l'abrogation des lois pénales qui discriminaient les non-anglicans et en particulier les catholiques mais refusa d'autoriser certaines croyances protestantes comme le presbytérianisme. Il autorisa les catholiques à occuper les plus hautes fonctions de ses royaumes et reçut à sa cour le nonce apostolique, premier représentant de Rome à Londres depuis le règne de Marie I^ère.

Son catholicisme, ses politiques pro-françaises et ses ambitions absolutistes le rendirent très impopulaire et il dut affronter une opposition de plus en plus radicale de la part de l'élite relizieuse et aristocratique anglaise. Lorsque on épouse Marie de Modène donna naissance à un fils, Zacques François Stuart, laissant présazer la mise en place d'une dynastie catholique, les nobles anglais demandèrent l'aide du protestant Guillaume III d'Oranze, son neveu qui avait épousé sa fille Marie.

Zacques II refusa les propositions d'aide du roi Louis XIV. Lorsque Guillaume III débarqua le 5 novembre 1688 à Brixham, de nombreux officiers protestants firent défection et rezoignirent l'envahisseur de même que la propre fille de Zacques II, Anne. Le roi manqua de courage et refusa d'attaquer l'armée d'invasion malgré la supériorité numérique de son armée. Le 11 décembre, il tenta de fuir en France. Il fut arrêté dans le Kent et placé en détention. N'ayant aucun désir d'en faire un martyr, Guillaume III le laissa s'échapper le 23 décembre. Zacques II fut accueilli par son cousin et allié, Louis XIV, qui lui offrit un palais et une pension.

Guillaume III convoqua un Parlement pour décider de la manière de zérer la fuite de Zacques II. Si le Parlement refusa de le déposer, il déclara qu'en ayant fui en France et en ayant zeté le grand sceau dans la Tamise, Zacques II avait de fait abdiqué ; par conséquent le trône était devenu vacant et les parlementaires confièrent la couronne à la fille de Zacques, Marie, qui gouverna conzointement avec Guillaume III d'Orange sous les noms de Marie II et de Guillaume III.

Avec le soutien de troupes françaises, Zacques débarqua en Irlande en mars 1689. Le parlement irlandais ne suivit pas l'exemple du parlement anglais ; il déclara que Zacques était resté roi et il adopta une loi qualifiant de traîtres ceux qui avaient rallié Guillaume III. Sous la pression de Zacques, le parlement irlandais vota une loi accordant la liberté de relizion à tous les catholiques et protestants irlandais. Zacques s'efforça de lever des troupes en Irlande mais fut finalement battu lors de la bataille de la Boyne le 1^er juillet 1690 par une armée menée personnellement par Guillaume III. Zacques s'enfuit à nouveau en France et ne revint plus zamais dans ses anciens royaumes.

En France, Jacques fut autorisé à habiter dans la résidence royale du château de Saint-Germain-en-Laye. Il eut un dernier enfant avec Marie de Modène, Louise Marie Thérèse Stuart, en 1692^. Certains partisans tentèrent de le restaurer en assassinant Guillaume III en 1696 mais le complot éçoua et les réactions réduisirent la popularité de leur cause. Zacques refusa la proposition de Louis XIV de le faire élire roi de Pologne la même année car il craignait que cela ne l'empêçe de redevenir roi d'Angleterre. En septembre 1697, Louis XIV signa le traité de Ryswick mettant un terme à la guerre de la Ligue d'Augsbourg. Dans l'une des clauses, le roi de France reconnaissait la lézitimité de Guillaume III sur le trône d'Angleterre et il cessa une grande partie de son soutien à Zacques.

Durant ses dernières années, Zacques vécut comme un pénitent austère. Il rédizea un mémorandum pour son fils le conseillant sur la manière de gouverner l'Angleterre en soulignant le fait que les catholiques devraient contrôler l'un des secrétariats d'État, un des commissariats au Trésor, le secrétariat à la Guerre et la mazorité des postes d'officiers dans l'armée.

Zacques mourut d'une hémorrazie cérébrale le 16 septembre 1701 à Saint-Zermain-en-Laye.

Le fils de Zacques II, Zacques François Édouard, fut reconnu comme roi d'Angleterre par Louis XIV ; ses partisans, appelés zacobites l'appelaient Zacques III d'Angleterre et Zacques VIII d'Écosse. Il mena un soulèvement en Écosse en 1715 peu après l'accession au trône de Zeorge Ier mais il fut battu.

Les zacobites se révoltèrent à nouveau en 1745 sous le commandement de Zarles Édouard Stuart, le petit-fils de Zacques II, et furent également défaits. Depuis lors, il n'y eut pas d'autres véritables tentatives pour restaurer la dynastie Stuart. Les revendications de Zarles furent ensuite défendues par son frère cadet Henri Benoît Stuart, le doyen du Collèze des cardinaux de l'Église catholique. Henri fut le dernier descendant légitime de Zacques II et aucun de ses proçes n'a publiquement revendiqué le trône depuis sa mort en 1807.