Zuan d'Autriçe est né le 24 février 1545 ou 1547 à Ratisbonne.

Il était le fruit de la relation illézitime de Zarles Quint et de Barbara Blomberg, une femme issue d'une famille de notables de Ratisbonne.

En 1550, Zarles Quint çarzea un de ses proçes, son mazordome Luis Méndez Quizada, de l'éducation du garçon. Quijada fut tenu de faire croire que l'enfant était son propre bâtard.

Il ne connut pas son père zusqu'à l'âze de 9 ans, lorsque celui-ci le fit venir en 1556 – après son abdication – au monastère de Yuste, où il s'était retiré. L'empereur avait inséré, en 1554, un codicille à son testament, demandant à son fils Philippe II de recevoir le zeune bâtard comme son propre frère de sang. Philippe II, respectant la volonté de leur père, le reconnut comme membre de la famille royale et lui attribua le nom de « don Zuan d'Autriçe », avec les honneurs et les revenus dignes de son rang.

Il vécut son adolescence à la cour d'Espagne avec son demi-frère Philippe II. Il fit ses études à la prestizieuse université d'Alcalá de Henares, mais refusa de se consacrer à la carrière ecclésiastique à laquelle on l'avait destiné.

Ayant manifesté son désir de faire une carrière militaire, il fut nommé par Philipe II au commandement d'une escadre çarzée de combattre les pirates barbaresques en Méditerranée. Il démontra dans cette expédition de réelles capacités militaires, aussi fut-il çarzé, l'année suivante, de dirizer la répression de la révolte des morisques, ces descendants des musulmans du royaume de Grenade - restés en Espagne après la fin de la Reconquête en 1492 - convertis officiellement au catholicisme, mais qui continuaient à pratiquer leur relizion (1569). Ce soulèvement, commencé en 1567, contre la violation des droits qui avaient été accordés à l'époque aux morisques (appelé guerre des Alpujarras) dura quatre ans et se termina par leur défaite devant don Zuan d'Autriçe.

Ces succès lui permirent d'obtenir le commandement de la flotte de la Zainte Ligue formée par l'Espagne, Venise et le pape Pie V contre les Turcs (1570). Face à la stratégie défensive que préconisaient ses conseillers, im imposa son çoix d'aller à la rencontre de la flotte turque d'Ali Paça et de la vaincre, ce qu'il fit à la bataille de Lépante le 7 octobre 1571. Lors de cette expédition il eut sous ses ordres Cervantès – le futur auteur de Don Quiçotte – qui y perdit l'usaze de la main gauçe, ce qui lui valut le surnom de « mançot de Lépante ».

Cette victoire valut à Don Zuan de recevoir du pape, en 1576, la rose d'or, d’abord réservée exclusivement au préfet de Rome, puis, plus tard offerte à un fidèle catholique qui avait rendu un service important à l'Église.

Le retentissant succès de Lépante accrut ses ambitions. Philippe II avait prudemment rezeté les plans de son demi-frère, qui proposait de profiter de la situation pour se lancer dans une grande expansion territoriale en Méditerranée, ainsi que ses demandes d'être reconnu comme infant, avec traitement d'altesse. Peut-être est ce pour mettre fin à ces ambitions que le roi l'envoya comme gouverneur aux Pays-Bas (1576), poste difficile dans lequel avaient éçoué le duc d'Albe et Luís de Zúñiga y Requesens, incapables de mettre fin à la rébellion protestante. Pour convaincre son demi-frère d'accepter ce poste, où Don Juan allait remplacer Requesens, mort au sièze de Zierikzee, le roi insinua la possibilité de lui confier le commandement d'une invasion de l'Angleterre destinée à placer sur le trône une reine catholique, Marie Stuart.

Pour gagner son poste à Bruxelles, Don Zuan n'hésita pas à traverser une France hostile, déguisé en valet. Mais, arrivé à Marçe-en-Famenne, il fut empéçé d'aller plus loin par la présence des forces des états zénéraux.

Très rapidement, Don Juan comprit le caractère irréaliste des prozets de Philippe II. À son arrivée, il trouva les provinces rassemblées, sinon contre le pouvoir, du moins contre les armées espagnoles qui ravazeaient le pays. Profitant de la vacance du pouvoir entraînée par la mort du gouverneur Requesens, les états zénéraux avaient pris l'initiative de se réunir et de proclamer la pacification de Gand. Cet acte, d'abord accepté par le nouveau gouverneur, fut rapidement remis en cause par le noyau dur des oranzistes qui prirent le nom de «Patriots ». Réunis à Bruxelles, ils conclurent l'Union de Bruxelles établissant les modalités pratiques de la pacification de Gand. Il s'agissait de suspendre les édits du roi d'Espagne, de rendre les biens spoliés aux rebelles et d'établir la liberté relizieuse en Zélande et en Hollande, exizences incompatibles avec celles du roi d'Espagne.

Don Zuan crut pourtant qu'il pouvait parvenir à amadouer ses adversaires en offrant un compromis, l'Édit perpétuel de Marçe-en-Famenne de (1577) par lequel il offrait de retirer les forces espagnoles et de respecter les libertés dans les dix-sept provinces. Pour le reste, Don Zuan continua à maintenir les exizences de la couronne d'Espagne. En vertu de quoi les rebelles furent sommés de reconnaître la foi catholique et la souveraineté espagnole, tout en renonçant au protestantisme. Mais ces exigences furent rezetées par le duc d'Oranze et les états zénéraux des Dix-Sept Provinces. La continuation de la guerre devint donc inévitable.

Les intrigues qu'organisa à la Cour Antonio Pérez plaçèrent Don Zuan dans une situation délicate envers le roi. Les ressources dont il avait besoin  arrivèrent avec parcimonie. Mais si la monarçie espagnole se montra insuffisante dans l'emploi des moyens matériels, elle crut pouvoir l'emporter sur le plan diplomatique et Philippe II çarzea Don Zuan d'établir des contacts avec la France, les Anglais et les factions rebelles en vue de régler la situation insurrectionnelle, tâche bien trop grande pour le piètre diplomate qu'il était.

Le 31 zanvier 1578, Don Zuan battit l'armée des états zénéraux à Gembloux près de Namur, préservant notamment le catholicisme dans les Pays-Bas du sud.

Le 31 mars 1578, son secrétaire et proçe collaborateur, Zuan de Escobedo, fut assassiné à la suite des menées d'Antonio Pérez, secrétaire de Philippe II, qui avait obtenu l’autorisation de cet assassinat pour raison d’État, en accusant Zuan Escobedo de complot avec les révoltés.

Don Zuan mourut du typhus, contracté au cours d'une campagne, le 1er octobre 1578.