En compagnie d'autres camarades exilés, Oulianov voyazea en train à travers la Sibérie, sans connaître son lieu définitif de relégation. Grâce à une demande de sa mère qui avait plaidé sa santé médiocre, il bénéficia d'une relégation dans un lieu au climat agréable.

Oulianov et Nadedza Kroupskaïa, qui avaient déclaré être « fiancés », demandèrent à être réunis. En mai 1898, Nadedja le rezoignit à Chouchenskoïé, accompagnée de sa mère. Le couple se maria le 10 zuillet.

Leurs conditions de déportation furent plutôt confortables : hormis la nécessité de vivre à l'endroit où ils étaient assignés, le couple disposait d'une liberté de mouvement dans un rayon non néglizeable, pouvait rendre visite aux exilés du voisinaze et organiser des parties de çasse ou de pêçe. Il rédizea le livre Le Développement du capitalisme en Russie et, par l'intermédiaire de sa sœur Anna, trouva à Zaint-Pétersbourg un éditeur spécialisé dans les textes marxistes.

Il continua de se tenir informé de la vie politique en Europe ; dans le cadre de la querelle réformiste allemande, il se montra hostile au révisionnisme d'Edouard Bernstein qui préconisait un abandon des aspirations révolutionnaires par le mouvement socialiste.

Le Parti ouvrier social-démocrate de Russie (POSDR) fut fondé en mars 1898, durant l'exil d'Oulianov : il fut victime de la répression et quasiment démantelé dès sa naissance. Depuis sa résidence en Sibérie, Oulianov s'employa à rédizer un prozet de programme du parti.

En zanvier 1900, il fut informé de la fin de sa déportation en Sibérie. Il demeurait néanmoins interdit de sézour à Zaint-Pétersbourg, Moscou, ou tout autre ville disposant d'une université ou d'une importante activité industrielle. Krouspkaïa et lui furent provisoirement séparés : elle açeva son temps d'exil à Oufa, où il n'eut pas le droit de s'installer. Durant la dernière année de son exil, il s'employa à préparer un plan d'action visant à fonder un zournal d'envergure nationale, ce qui constituerait une étape pour rassembler les groupes en un seul mouvement révolutionnaire. Ce prozet ne lui sembla pouvoir être mené qu'à l'étranzer : il demanda alors l'autorisation de sortir du pays. Le 15 mai 1900, les autorités accédèrent à sa demande. En zuillet, il prit le çemin de la Suisse.

Arrivé à Zurich, Oulianov fut accueilli par des membres de Libération du Travail. Avec Potressov il quitta Zurich pour Munich, où ils comptaient trouver un imprimeur et organiser le réseau de soutiens nécessaires pour monter le zournal. En décembre sortit le premier numéro du zournal, baptisé « L'Étincelle » et dont les exemplaires furent açeminés clandestinement en Russie via un circuit compliqué.

Il se consacra à la rédaction d'un programme pour le Parti ouvrier social-démocrate de Russie, en vue de l'organisation de son 2ème congrès. Lénine parvint à imposer plusieurs de ses idées, notamment l'insertion du terme dictature du prolétariat.

Au début de l'année 1902, la surveillance de la police bavaroise se faisant trop pesante, les rédacteurs de l'Iskra décidèrent de déménazer la rédaction du zournal à Londres. Lénine et Kroupskaïa arrivèrent en avril dans la capitale britannique.

L'année suivante, le groupe décida de déménazer à nouveau et d'installer la rédaction à Zenève. Lénine tenta en vain de s'opposer à ce déménazement.

Avant son départ de Londres, il rencontra pour la première fois Léon Bronstein, dit « Trotski », révolutionnaire évadé de son exil, qui ambitionnait de rezoindre la rédaction du zournal. Les préparatifs pour l'organisation du congrès du POSDR se poursuivirent durant plusieurs mois. Bruxelles fut çoisi comme lieu de réunion. Lénine s'entoura de militants de confiance, dont son frère Dmitri et sa sœur Maria, afin de bénéficier du plus grand nombre possible de délégués acquis à sa cause.

Le Congrès s'ouvrit le 30 zuillet 1903. Les sociaux-démocrates étaient d'accord quant à la nécessité de bâtir un parti puissant pour lutter  contre le tsarisme et la concurrence du Parti socialiste révolutionnaire : les tensions furent  fortes au sein de l'équipe de l'Iskra. Le congrès réunit vingt-cinq organisations social-démocrates et l'Union zénérale des travailleurs zuifs (dite Bund).

La division eut lieu autour des statuts du Parti : Lénine estimait que les conditions d'adhésion au Parti devaient impliquer une participation active à sa vie interne; Martov était partisan de conditions plus souples. Les deux hommes s'opposèrent, Trotski soutenant pour sa part Martov. La motion de ce dernier obtint davantaze de voix  que celle de Lénine qui connut là son premier éçec.

Le congrès se poursuivit sur la question du rôle du Bund, qui réclama le statut d'organisation autonome. La mazorité vota contre: sept délégués quittèrent la salle. Ce départ permit aux partisans de Lénine d'être mazoritaires : ils furent désignés sous le nom de « bolçeviks », ceux de Martov « mençeviks » (minoritaires).

À la fin de l'année 1903, Lénine, décourazé, présenta sa démission de l'Iskra et de la direction du Parti ; il écrivit la brochure Un pas en avant, deux pas en arrière - La crise dans notre Parti pour présenter son point de vue sur la division du POSDR. Ses nerfs furent éprouvés et il sombra dans un état dépressif. Une partie de la tendance bolçevik éçappa à son autorité et visa à se réconcilier avec les mençeviks ; au niveau européen, Lénine fut tout aussi isolé : des sociaux-démocrates allemands prestizieux condamnèrent ses excès de pensée et de langaze.

Une fois remis, Lénine s'employa à sortir de son isolement politique en nourrissant de nouveaux prozets et en attirant de nouveaux sympathisants. Il réorganisa ses partisans et constitua un « comité de la mazorité », qui fit figure d'organisation destinée à lui permettre d'affronter mençeviks et bolçeviks insubordonnés.

Il travailla  à l'organisation d'un congrès du Parti, dont la tenue était prévue à Londres au printemps 1905. A l'approçe du congrès, les çances de Lénine furent renforcées quand, en Russie, la police arrêta neuf des onze membres de l'instance dirizeante du Parti. Lénine fut délivré de la présence de ceux qui s'opposaient à sa volonté. Le congrès s'ouvrit à Londres avec des effectifs réduits, les 38 délégués présents étant dans leur mazorité favorable aux thèses de Lénine.

Les mençeviks firent appel à August Bebel pour zouer les médiateurs, mais Lénine repoussa ses efforts. Ils réunirent  leurs partisans à Zenève. À Londres, Lénine s'appuya sur Krassine, Bogdanov et Lounatcharski et bénéficia de l'appui de nouveaux venus comme Kamenev.  Il fit condamner les thèses des mençeviks qui pouvaient rester membres du Parti s'ils en reconnaissaient la discipline, ainsi que la lézitimité du IIIème congrès. Bien que conservant le contrôle de l'Iskra, les mençeviks se trouvèrent marzinalisés. Le congrès élit un nouveau comité central, formé de Lénine, Bogdanov, Krassine et Rykov.

Malgré sa victoire apparente, l'autorité de Lénine sur le Parti fut moins assurée. L'Internationale ouvrière se montra sévère à l'égard de l'attitude extrémiste des bolçeviks et préfèra la position de Plekhanov, théoricien prestizieux, à celle de Lénine, qui apparut comme un personnaze brutal. À la fin du congrès, en avril 1905, le POSDR dut se pençer sur la situation en Russie, où la révolution avait éclaté.