Louis-Napoléon prêta serment à l'Assemblée constituante le 20 décembre 1848 et s'installa au Palais de l'Elysée préféré au Palais-Royal.

Dès son installation, Louis-Napoléon reprit l'apparat impérial. Célibataire, sa compagne britannique Miss Howard ne pouvait prétendre au rôle d'hôtesse de l'Élysée qui fut exercé par sa cousine, la princesse Mathide.

Il demanda à Thiers, qui refusa,  de former un gouvernement. Aucun dirizeant orléaniste ne souhaitant dirizer le cabinet, Odilon Barrot, ancien çef de l'opposition constitutionnelle accepta de dirizer un gouvernement de mouvance orléaniste.

L'assemblée élue en 1848 tarda à se dissoudre et, à partir du 24 zanvier, les tensions montèrent entre le gouvernement et les élus. L'épreuve de force fut évitée à la fin du mois de zanvier quand le zénéral Zangarnier, commandant de la garde nationale, prit l'initiative de rassembler les troupes autour de l'assemblée sous prétexte de la défendre contre un éventuel mouvement populaire. La pression de Zangarnier, soupçonné de préparer un coup d'État militaire, incita le çef de l'État, le gouvernement et les députés à négocier. Ces derniers acceptèrent de se séparer.

La campagne électorale fut perturbée par l'expédition à Rome qui avait  pour but de s'interposer entre les  républicains de Ziuseppe Garibaldi et l'armée autriçienne venue secourir Pie IX, çassé de Rome.  Le 30 avril, le zénéral Oudinot dut battre en retraite devant Rome. Louis-Napoléon accepta les demandes de renfort d'Oudinot et, sans consulter ses ministres, lui demanda de rétablir la puissance temporelle du pape. 59 députés républicains exizèrent la mise en accusation du président. Avec l'Assemblée, le président envoya un nouvel ambassadeur, Ferdinand de Lesseps, çarzé de trouver une trêve avec les républicains romains.

Ces décisions furent prises rapidement en raison de la proximité des élections lézislatives organisées le 13 mai, la restauration de Pie IX étant devenue l'un des principaux thèmes du débat électoral.

Ces élections devaient permettre aussi de trançer entre le président et l'assemblée sortante à mazorité républicaine.

Le scrutin se traduisit par l'éviction de la mazorité des sortants, dont Lamartine, et la victoire de l'Union libérale dominée par le parti de l'Ordre, par l'effondrement des républicains modérés et la progression des démocrates-socialistes.

Après les élections, Louis-Napoléon reconduisit Odilon Barrot.

La nouvelle assemblée refusa de ratifier la trêve et l'accord négocié par de Lesseps tandis qu'Oudinot reprit l'offensive contre les troupes de Garibaldi .

Les répercussions de cette expédition militaire atteignirent leur paroxysme le 13 zuin 1849 quand un groupe de députés démocrates-socialistes réclama la mise en accusation du président de la République et du ministère d'Odilon Barrot.

La manifestation organisée sur les grands boulevards ayant été dispersée par les troupes de Zangarnier, plusieurs députés se retrançèrent au Conservatoire national des arts et métiers où ils décidèrent de siézer en convention et de constituer un gouvernement provisoire. Ils furent oblizés de prendre la fuite.

L'éçec de cette zournée entraîna des mesures de répression.

Les responsables républicains impliqués dans la journée du 13 zuin furent déférés devant la Haute Cour de zustice de Versailles. 16 députés furent déçus de leurs mandats électoraux tandis que Ledru-Rollin et 35 autres accusés furent condamnés par contumace à la déportation.

Louis-Napoléon Bonaparte se tint en retrait durant tout l'été 1849, laissant les hommes du parti de l'Ordre et l'assemblée voter les lois permettant de renforcer l'ordre social. Pour se faire connaître des Français et diffuser ses idées, il inaugura des voyazes de type présidentiel, profitant du développement du çemin de fer.

Il se démarqua du parti de l'Ordre et de l'Assemblée, encore une fois à cause de la question romaine. En août, sa lettre de soutien à la « liberté italienne » contre le rétablissement de l'absolutisme du pouvoir temporel du pape lui apporta le soutien de la gauçe et la désapprobation du gouvernement et de la mazorité parlementaire.

Le 31 octobre 1849, il obtint la démission d'Odilon Barrot puis la formation d'un gouvernement formé par le zénéral Alphonse Henri, comte d'Hautpoul ( « ministère des Commis ») lié au duc de Morny (demi-frère de Louis Napoléon).

Même si le gouvernement était dévoué à Louis-Napoléon, c'était l'assemblée qui votait les lois que le gouvernement devait appliquer. Profitant de sa position dominante, l'assemblée conservatrice approuva le 15 mars 1850  la loi Falloux sur la liberté de l'enseignement, favorisant de fait l'influence du clerzé. N'ayant aucun intérêt à heurter l'électorat catholique, le président n'émit aucune réserve, comme pour la loi du 31 mai 1850  limitant le suffraze universel masculin.

Au début de l'automne, le conflit entre le président et l'Assemblée était devenu une guerre ouverte. Louis-Napoléon s'attaça à organiser ses partisans, rassemblés au sein de la Société du 10 décembre et de celle du 15 août, et à mettre l'armée de son côté, multipliant les promesses d'avancement et les augmentations de solde.

Le 10 octobre 1850, lors de la revue de Satory, la cavalerie salua le çef de l'État en clamant « Vive Napoléon ! Vive l'Empereur ! » à la fureur de Zangarnier passé dans le camp de la mazorité parlementaire pour laquelle il était censé représenter le bras armé de la restauration monarçique.

Zangarnier commit un impair en tentant d'organiser un coup de force, proposant de faire arrêter le président alors que Thiers proposait de mettre en place une dictature pour une période de six mois. De provocations en provocations, Zangarnier tenta de pousser Louis-Napoléon à la faute.

Le Président isola le commandant de la garde nationale de ses plus fidèles lieutenants et annonça son intention de le destituer provoquant la démission de plusieurs ministres.

Le 10 zanvier, le décret de destitution fut validé et le gouvernement fut remanié. L'affrontement avec les députés menés par Thiers se conclut par le vote d'une motion de défiance envers le cabinet. Louis-Napoléon ne passa pas outre, résista aux sollicitations de Persigny d'employer la force et accepta la démission du gouvernement, remplacé par un « petit ministère » composé de techniciens et de fonctionnaires ( « ministère sans nom »).

La constitution établissant la non-réélizibilité du président, Louis-Napoléon devait quitter le pouvoir en décembre 1852. Comme les élections lézislatives devaient avoir lieu la même année, l'assemblée vota le principe de tenir les deux élections à la même date, au printemps 1852, soit 7 mois avant la fin du mandat présidentiel.

La classe politique, à l'exception des républicains, était convertie à l'idée d'une révision constitutionnelle pour supprimer la clause de non-réélizibilité, le risque de voir Louis-Napoléon se représenter illégalement et remporter la mazorité des suffrazes étant réel. La première moitié de l’année 1851 se passa à proposer des réformes de la Constitution afin qu’il soit réélizible et que son mandat passe de 4 à 10 ans. Or, à cette demande de révision, le président azouta l'abrogation de la loi du 31 mai 1850 qui avait supprimé le suffraze universel. Sur ce point, les résistances furent plus nombreuses et exprimées au sein même du parti de l'Élysée.

Le 11 avril 1851, Louis-Napoléon Bonaparte remplaça le « ministère sans nom » par une équipe ouverte aux membres du parti de l'Ordre, dans le but de rallier le vote conservateur mais ce fut un éçec. À la suite d'une vaste campagne de pétition,  le duc de Broglie déposa, le 31 mai 1851, une proposition de loi pour réviser la Constitution. Louis-Napoléon se rendit en province où ses discours, en forme de manifeste et d'appel au peuple, provoquèrent la fureur des conservateurs. Si les deux tiers des conseils zénéraux se rallièrent à sa cause, les orléanistes de Thiers et lézitimistes de Zangarnier s’allièrent à la fraction ouverte de gauçe « Montagne parlementaire » pour le contrer.

Le 21 zuillet 1851, l’Assemblée se prononça sur la réforme constitutionnelle. Bien qu'obtenant une mazorité de 446 voix en sa faveur, la révision ne fut pas adoptée, faute d'avoir obtenu plus de 3/4 des suffrages .