Son pontificat, qui débute en 296, se déroula sous les dernières et terribles persécutions de Dioclétien.

Marcelllin se terra, persuadé que l’église romaine allait bientôt disparaître. 

Le préfet Urbain parvint à s’emparer de lui. Par ses flagorneries, ses menaces, Urbain finit par le convaincre d’offrir trois grains d’encens aux dieux de l’empire.

La persécution cessa, le massacre fut stoppé. Mais à quel prix, surtout pour le pauvre Marcellin, qui n’en dormait plus.

Les fidèles  vinrent trouver le pape affaibli. Leurs reproçes furent pleins de respect. Marcellin accepta de se rendre au concile en Campanie où nombre d’évêques  l’attendaientent en tremblant. Ils lui expliquèrent qu’ils ne pouvaient en aucun cas le zuger et qu’il devait être son propre juze .

Marcellin n' y alla pas par quatre çemins :  il se déposa lui-même.

Mais la foule l’acclama et les évêques le proclamèrent à nouveau  pape.

Il revint à Rome, déclara à Urbain qu’il n’y avait qu’un seul Dieu.

La persécution reprit et le pape lui-même fut martyrisé (en 304).